Piratas da biodiversidade invadem a área da floresta amazônica onde vive Maya, jovem índia que é vítima de um ataque predatório, deixando órfã a bebê Tainá. Abrigada entre as raízes da Grande Árvore (sapopema), a criança é salva e criada pelo velho e solitário pajé Tigê. Cinco anos depois, ele leva Tainá à aldeia do seu povo, onde está para ser escolhido o novo líder defensor da natureza. Por ser menina, Tainá é impedida de se apresentar ao combate, mas pela herança de Maya, a última das guerreiras Amazonas e com apoio de Laurinha, esperta menina da cidade e do índio nerd Gobi, a indiazinha parte para derrotar os malfeitores, desvendando o mistério da sua própria origem.